Ủy ban Giáo dục Hokkaido giám sát các trường công lập (trừ trường cao đẳng và đại học) ở Hokkaido. Các trường tiểu học và trung học cơ sở (trừ trường cấp 2 Hokkaido Noboribetsu Akebi và các trường trực thuộc Đại học Giáo dục Hokkaido) được điều hành bởi các thành phố, và các trường trung học phổ thông công lập được điều hành bởi hội đồng tỉnh hoặc thành phố.

Hokkaido có 37 trường đại học (7 cấp quốc gia, 5 cấp địa phương và 25 trường tư), 34 trường cao đẳng và 5 học viện kỹ thuật (4 cấp quốc gia và 1 cấp địa phương). Các trường đại học cấp quốc gia tại Hokkaido là:

• Đại học Hokkaido (tên cũ Cao đẳng Nông nghiệp Sapporo)[35]
• Đại học Giáo dục Hokkaido
• Học viện Công nghiệ Muroran
• Đại học Thương mại Otaru
• Đại học Nông nghiệp và Thú y Obihiro
• Học viện Y tế Asahikawa
• Học viện Công nghệ Kitami

Chính phủ Hokkaido điều hành Đại học Y Sapporo, một trường y ở thành phố Sapporo.